洪武十三年，借胡惟庸案，朱元璋废去中书省，仿周官六卿之制，提高六部的地位：吏户礼兵刑工每部各设尚书一人，左右侍郎各一人。吏部掌管全国官吏选授封勋考课，甄别人才。户部掌户口田赋商税。
礼部掌礼仪祭祀僧道宴俗教育贡举和外交。兵部掌卫所官军选授简练和军令。刑部掌刑名。工部掌工程造作和水利交通。
统军机构则改枢密院为大都督府，节制中外诸军。
洪武十三年分大都督府为左右前后中五军都督府。其具体结构已在前面作了介绍，这里不再赘述。
最值得一提的是监察机构，原来是御史台，洪武十五年改为都察院，分设左右都御史，下有监察御史一百十人，分掌十二道（后为十三道）。职权是纠劾百司，辨明冤枉，凡大臣奸邪，小人构党作威作福，祸乱朝政，百官徇私贪赃舞弊，学术不正，和变乱祖宗制度的，都可随时举劾。它是替皇帝监视官僚的衙门，是替皇帝检举反动思想，维护传统纲纪的衙门。
都察院在朝监视各个不同的官僚机构，派到地方的，有巡按、清军、提督学校、巡监等职务。其中最威风的是巡按御史，代替皇帝按临所部，大事奏裁，小事立决。
通过机构改革，朱元璋从根本上取消了千百年来的相权。皇帝除了是国家元首之外，又是事实上的政府首脑，直接领导和推进庶务，皇权和相权合一，加上军队的指挥权，立法权司法权和赋税加免权以及超法律的任意处分权，人类所能想到所能运用的一切权利，都集中到了朱元璋一人之手，不对任何个人和团体负责。真可谓“无法无天”，达到了“礼乐征伐皆出于君”的皇权极峰。
第六章 家庭生活
一、功不可没 情真意切马皇后
在朱元璋的统一事业中，马皇后是一个不可低估的人物，对这一点，朱元璋自己也认识得很清楚。
公元1368年正月四日，朱元璋在登基大典进行完毕后，回到宫中，对马皇后说：“非后德齐一，安有今日，其敢以富贵忘贫贱哉！”朱元璋这话说得并不过分，在他叱咤风云的一生中，马皇后一直和他“忧勤相济”、“备极艰难、赞成大业”。朱元璋的全部事业中都渗透着马后的心血。
马皇后生于公元1332年，比朱元璋小四岁，安徽宿州人。至正十一年，由其养父郭子兴做主，在军中与朱元璋结为百年之好。
虽然郭子兴器重元璋，又招为养婿，但他性情暴躁，气量狭窄，在别人的挑拨教唆下，也曾多次猜忌贬斥朱元璋。有一次甚至把他监禁起来，不准进食。
马氏得知后，亲自到厨房，“值蒸馍饠熟，后乘热窃其一，怀之薄乳傍，乳为之糜”。别的将领出战，总要掠获些财物向子兴献礼，朱元璋带兵秋毫无犯，即、使缴获一些战利品，也尽数分给部下。马氏怕义父不察实情、耿耿于怀，就拿出自己平素的积蓄献给义母，求她向义父调停说情。就这样，朱元璋在这支队伍中的地位才逐渐巩固。
有一段时期因遇到大灾，军中缺粮，马氏总是“居常储糗脯供帝，无所乏绝，而己不宿饱”。她还亲自掌管丈夫的文札。无论是行军作战时的军状文书，还是朱元璋随手写下的札记、备忘录，都由她整理保管得“籍簿井井”，“仓促取视，后即于囊中出而进，未尝脱误”。平日随丈夫在军中，还“时时赞替太祖规画”，常提出一些很好的建议。一次朱元璋率主力先行渡江，“后多智，恐元兵蹑其后，必相隔”，于是不等朱元璋下令，便迅速带领眷属后勤紧急过江，“而元兵果扼渡如后虑”。由于马皇后的果断决策，避免了一次重大损失。
马皇后认为“定天下在得人心，人心者天下之本也”。她曾多次提醒告诫元璋：“用兵焉能不杀人，但不嗜杀人，则杀亦罕也。”战争紧张时，马夫人“亲率妾媵完缉衣鞋，助给将士，夜分不寐”，公元1360年，陈友谅率兵东下，直逼江宁（南京），朱元璋亲赴前线迎敌。面临强敌压境，军事上暂时处于劣势的紧急关头，城中有的官员、百姓动摇，打算逃跑；有的忙于窖藏金银，屯积粮食。她却镇静自若，
“尽发宫中金帛犒士”，抚慰百姓，稳定军心。
朱元璋做皇帝后，经常回忆起早年艰难岁月的经历，把马后“经之芜蒌豆粥，滹沱麦饭，每对群臣述后贤同于唐长孙皇后”。马皇后听说后，诚恳地说：“妾闻夫妇相保易，君臣相保难。陛下不忘妾同贫贱，愿无忘群臣同艰难。且妾何敢比长孙皇后也。”朱元璋多次提出要寻访皇后的宗族亲戚封赏爵禄，都被马皇后婉言谢绝。她说：“爵禄私外家，非法。且妾家亲属未必有可用之才，一旦骄淫，不守法度，前代外戚之覆败，皆由于此。陛下加恩妾族，厚其赐予，使得保守足矣。若非才而官之，恃宠致败，非妾所愿也。”史家称明代“后妃居宫中，不预一发之政，外戚循理谨度，不敢恃宠以病民，汉唐以来所不及”。
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