抗战时期，党的总方针是坚持抗战反对投降、坚持团结反对分裂、坚持进步反对倒退。潘部工作主要是以了解日本动向、国际关系变化来为这个方针服务。工作需要重新布置。1940年建立了与延安通报的电台，到1942年夏因日本宪兵搜查，被迫停止工作。1943年建立与华中局（1945年4月改华中分局）联络的交通线，直到1946年全面内战才停止。抗战时期，潘曾用不同身份、不同方式接近高层次的对象，如陈公博、周佛海、罗君强、李士群，伪警察局、伪保安司令部、伪宣传部、日使领馆、日方特务机关海机关、满铁、日方民间团体、重庆对日谋略活动的人物等。潘还化名伪装主和派出入虎穴，同日本从事谋略活动的人物直接接触。如他利用特殊关系，化名“肖叔安”，租用了上海百乐门饭店的上等房间作为掩护活动的地点。当时，日伪警宪特务经常出入这家饭店，而他深知敌人有“灯下黑”的弱点，所以来个身入虎穴，坚持斗争。正如他常说的，只要掌握敌人的规律，巧于应付，有时依傍虎穴反而比较安全。
这个时期，潘上报的重要情报有：（1）1939年英法企图牺牲中国对日妥协的远东慕尼黑活动。（2）1941年6月13日潘从香港签发的德苏战争一触即发电。南方局早几天亦有类似报告。为此，苏共中央曾向中共中央表示感谢。（3）德苏战争爆发后，日本动向是南进而非北进，以及日美谈判等情报。这是个涉及苏联远东红军能否西调的事情，对国内阶级动向也很有关系。（4）李士群提供了日军要“扫荡”苏北盐阜区即新四军军部所在地区的信息。（5）周佛海设电台与重庆通报。（6）重庆对日谋略活动者与日海军和近卫的接触等。（7）某战区关于敌情和“匪情”的通报，等。
毛主席在1945年中共“七大”讲到敌区大城市工作时，表扬了刘少奇，同时也赞扬了刘晓和潘汉年。1955年潘被逮捕审查，李克农同志根据周总理要求，组织了专人查阅了有关文电档案，于1955年4月29日向中央报告了对这个时期潘情报的评价：“太平洋战争前，潘汉年向中央报告的关于日本特务、伪军、及日美谈判和德苏战争等情报是有价值的。”1982年中央关于潘汉年的平反通知中说他“为党获取了不少重要战略情报，多次得到中央的表扬”。
这个时期，还有三件事值得一提：（1）1942年夏，潘部在上海的电台处被搜查，因收藏良好，敌人未查到机器。当时有人主张撤退干部。潘认为敌人既未找到证据，一撤反而暴露，势必牵连住房的保人等。坚持不动声色，待风平浪静后，终于安全撤退。（2）皖南事变后，新四军秘书长李一氓，转移到香港，潘电告了中央，并陪他到澳门看望叶挺夫人，然后送他回沪，经新四军驻沪办事处送回新四军。（3）为了配合整风学习，淮南根据地和上海情报单位之间曾经通过秘密交通，传递党的整风文件。潘汉年为此设计了一个“障眼法”，将党的文件密封后伪装成汪伪镇江特工站致江伪上海特务头目的亲启公文，由交通何荦安全通过几个关卡，胜利完成任务。同时，刘人寿也从党中央留存在上海的秘密文库中取出的重要历史文件拍成照相底片，塞在干电池中，由何荦带到根据地。并由华中局情报部用放大镜阅看底片，逐字抄录后电报中央。
四
潘于1944年底离淮南赴延安出席党的“七大”，组织决定，潘部在上海的单位由华中局城工部长刘长胜代管。日本投降，潘单位首先得知蒋介石要冈村宁次派人到芷江受降的命令。可惜当时没有电台向解放区通报，只能待刘长胜到沪时再汇报。在此时期，潘系统在上海的同志利用日伪惶惶无主，重庆接收人员尚未到沪的机会开展隐蔽工作。如华克之通过社会关系，设法弄到5卡车TNT炸药和194挺机枪送到解放区，此事受到上级领导机关表扬。又如，当时打入伪方任警察局司法处长的李时雨，陪同兄弟单位的范济美到监狱营救出东北抗日联军第一路军司令杨靖宇之弟杨树田，等。
1946年夏，潘汉年返沪。潘部在上海的单位仍归潘领导。有些不适宜留沪工作的同志调离上海。刘晓、潘汉年、王绍鏊又介绍了些关系。张唯一转移到香港，管机要又分管上海工作。上海日常联络由刘人寿负责。在军事部门、军统、中统、警察局、海运方面有一些或深或浅的关系。上报的重要情报有：（1）1945年秋在美帝支持下大量蒋军从大后方空运到沿海城市和东北；（2）华中剿总战报，东北战役中海上军运；（3）国民党关于徐蚌会战的部署；（4）江防计划，江阴要塞、吴淞要塞、海军舰队驻地；（5）国民党国防部人事、联勤部组织系统、补给表、战斗序列、蒋军运输；（6）几个潜伏台，反映的解放区大华贸易公司金柯秘密叛变的情报；军统、中统上海机构人事以及他们搜集的有关基层革命组织的情报；他们收集的有关苏联在沪机构活动的情报；（7）1948年12月获悉蒋将下台，李宗仁将上台，等等。此外还转报了史永交来的南京市委请示敌空军起义降落地点和联络信号电，后来中央复示俞渤驾机起义成功。由季崇威策反资源委员会起义，使121个总公司近1000个生产单位，22万技术工人，3万2千科技和管理人员完整地移交给人民政府。（钱昌照亦从香港来沪宁策反该会）。由陈天骏参与策动香港招商局起义。
为了开展爱国民主统一战线工作，潘汉年在香港，同方方等一起经常出席民主人士座谈会，在《群众》杂志用笔名肖凯发表了多篇统一战线论文，批评对美蒋幻想，宣传革命到底。在国民党特务和港英严密监视下，安排了李济深等350名民主人士安全到解放区，为人民政协胜利召开作出贡献。还对两航起义作开端，他离港后由别人完成。
关于这个时期的工作，李克农同志1955年7月给中央的报告中提到：“从1946年到1949年潘汉年在上海香港两地的情报组织的来往电报及从1949年缴获的蒋特档案看，这一时期潘汉年所属上海、香港两地报告了有关蒋匪的军事调动、建军、向解放区派遣特务、蒋特电讯侦测情况，蒋美关系……等情报，现尚未查出可疑材料。”
潘汉年长期搞隐蔽斗争方面工作，曾作出过杰出贡献。但由于敌区条件，保密严格，潘又严守纪律，从不谈自己的功绩。
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